L'isolotto di San Clemente da sempre ha esaltato l'immaginazione dei lesinesi. Su questo angolo di Lesina che affiora dalle acque credenze e storia si intrecciano.
Di certo si sa che esso ospitava una primitiva chiesa dedicata al Santo Martire costruita sui resti di un'antica costruzione pagana. A causa delle invasioni dei Saraceni, questo luogo di culto fu distrutto.
Nel 1165, grazie all'azione intrapresa da Leonante, Abate di San Clemente da Casauria, proprietario dell'isolotto di San Clemente (vedi sezione "IL MEDIOEVO LESINESE") e soprattutto grazie al fatto che Lesina era situata sul tragitto che i pellegrini dovevano fare per raggiungere il Monastero di San Michele sul Gargano, la chiesa fu ricostruita.
Questa volta non si trattava più di una primitiva chiesa, ma di un vero e proprio convento con celle per i monaci che stabilmente risiedevano sul posto.
Purtroppo, però, come già accennato nella sezione "LESINA NEL PERIODO DELL'ANTICA ROMA", i numerosi fenomeni sismici, nonché il forte bradisismo, lento ma inesorabile, subito da Lesina, hanno fatto si che anche il convento di San Clemente oggi non sia rilevabile se non dalle fondamenta ancora visibili nel lago.
Sarebbe auspicabile che coloro che hanno la possibilità , ed il dovere, di rendere a Lesina ciò che appartiene alla sua Storia, impegnino tutte le loro risorse, nonché i mezzi disponibili, per il raggiungimento di tale scopo.
Spesso immaginiamo che quella Croce di ferro, unico segno visibile dalle sponde lacustri dell'esistenza di avvenimenti che vanno ben oltre la natura puramente geologica del lago, si spogli delle sue leggende per indossare l'abito di pura e semplice Storia, in modo che tutti possano conoscere le verità dell'ambiente che li circonda.